Agrupa a los docentes de las secciones Física, Matemáticas y Química. En 1966, se estableció el Departamento de Ciencias Básicas, mientras que en 1970 se consolidó el actual Departamento Académico de Ciencias. Entre sus funciones se encuentran proveer docentes para el dictado de los cursos de sus especialidades a los Estudios Generales y facultades de la Universidad, y fomentar la investigación de los profesores.