La Oficina de Contraloría depende del Rectorado y coordina aspectos operativos con el Vicerrectorado Administrativo. Tiene como objetivo principal servir a la comunidad universitaria mediante el aporte de mejoras en sus procedimientos, resultado y gestión, con la finalidad de apoyar en el cumplimiento de sus metas y sostenibilidad optimizando el uso de sus bienes, recursos humanos y financieros. Por otro lado, entre sus principales funciones están prevenir al Rectorado de riesgos que puedan afectar la operatividad diaria mediante prácticas de gestión que generen valor agregado, eficiencia y rentabilidad; controlar y evaluar el sistema de control interno, riesgos y buen gobierno de la Universidad sobre la base de un plan anual de actividades basado en riesgos; informar sobre el desarrollo de los procesos de gestión, contables, presupuestales, tecnológicos y sobre el cumplimiento de metas. Con la finalidad de brindar un mejor servicio y soporte a los procesos clave de la Universidad, se aprobó la nueva estructura que comprende las siguientes áreas: Servicios Académicos e Investigación, Servicios Descentralizados, Servicios Soporte Administrativo y Gobierno, Tecnologías de la Información e Innovación, Aseguramiento de la Calidad y Seguridad de la Información.