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The REFRACT proposal answers the MSCA RISE call, aiming at the promotion of international and interdisciplinary collaboration through the sharing of knowledge and expertises between partners via staff exchange. REFRACT is based on the experiences gathered by the participants during the COST Action BM1405 ¿Non-globular proteins: From sequence to structure, function and application in molecular physiopathology¿ (NGP-net, URL: http://ngp-net.bio.unipd.it/). All the proponents are involved in NGPnet, with the REFRACT coordinator also chairing the COST Action. NGP-net, which has been running since 2015, has brought together a large European scientific community working on non-globular proteins. Non-globular proteins (NGPs) encompass different molecular phenomena that defy the traditional sequence-structure-function paradigm, attracting nowadays a lot of attention. At present, NGP-net counts about a hundred different host institutions from 30 participating countries. It has also created strong international links, notably to Argentina which is officially part of the COST Action. NGP-net has laid the foundations for the REFRACT proposal, as it defines the state of the art of research into tandem repeat proteins (TRPs). TR regions in proteins are considerably diverse, ranging from single amino acid homorepeats, that can be detected for their lack of sequence complexity, to cryptic repeats of up to forty residues per unit and even entire domains (A.V. Kajava, 2012). Almost 2 millions 300 thousand of euros for the project and the PUCP will get almos 100000
Participantes:
Instituciones participantes:
La propuesta es el escalamiento, la implantación y puesta en producción de una versión mejorada de la aplicación móvil ARIM en el Hospital de Emergencia José Casimiro Ulloa(HEJCU) y el Hospital Cayetano Heredia(HCH), esta aplicación movil fue parte de la tecnología desarrollada durante el proyecto denominado: Caracterización de COVID-19: Herramienta de análisis de datos de pacientes COVID-19 ¿ el cual fue financiado en el marco de los Proyectos Especiales: Respuesta al COVID-19 (convocatoria 2020-01). El planteamiento de la propuesta 035-2020-FONDECYT consistía en la generación de una base de los pacientes COVID-19 durante los diferentes estadios de evolución de la enfermedad, i.e., ingreso, hospitalización, UCI, alta (o convaleciente en casa). La base de datos acumularía información relacionada con enfermedades preexistentes, sintomatología, tratamiento y evolución del paciente, además de datos demográficos (sexo, edad, lugar de residencia, ocupación, condición social y económica, etc). Además de la base de datos, la contribución del proyecto anterior fue la implementación de dos aplicativos móviles (en la plataforma Android, uno para pacientes en casa o recuperados y otro para pacientes en establecimientos hospitalarios), y una serie de análisis estadísticos en tiempo real que puedan ser vistos en línea por el personal médico y público en general. Estos análisis son parte de un servicio web que permite interactuar con los gráficos y datos acumulados en el repositorio en la nube. El objetivo final de estos paquetes tecnológicos consistía en dar las herramientas necesarias al personal sanitario para identificar con mayor facilidad tratamientos exitosos que puedan contener la infección y así evitar llegar a su fase más severa y muerte del paciente, y adicionalmente minimizar el tiempo en el registro y digitalización de la información del paciente
Participantes:
Instituciones participantes:
Nuestra propuesta es colaborar en la construcción de una base de datos que abarque diversas dimensiones de los pacientes hospitalizados por COVID-19: enfermedades preexistentes, sintomatología, tratamiento y evolución del paciente, además de datos demográficos (sexo, edad, lugar de residencia, ocupación, condición social y económica, etc) y etnicidad. La otra contribución de nuestros científicos, además de la base de datos, será implementar una serie de análisis estadísticos en tiempo real que puedan ser vistos en línea por el personal médico autorizado. Estos análisis serán parte del servicio web y permitirán a los médicos interactuar con los gráficos y resultados generados. Estos análisis podrían contribuir a guiar al personal sanitario hacia tratamientos exitosos que puedan contener la infección y así evitar llegar a su fase más severa (i.e., hiper-inflamatoria). Estos resultados también servirán para conocer el comportamiento/sintomatología de la enfermedad en los pacientes en el Perú.
Participantes:
Instituciones participantes:
Este fondo me permitió viajar a UK con el fin de ser parte del equipo de Families de Secuencias EMBL-EBI a cargo de Robert Finn. Gracias a este fondo he podido realizar satisfactoriamente la estancia de investigación en la que he adquirido competencia para realizar anotaciones en las entradas de Pfam [1].
Participantes:
Instituciones participantes:
Este fondo permitió llevar a cabo diferentes actividades, Workshop repeat proteins, se llevó a cabo con normalidad, generando más colaboraciones y futuras publicaciones. Entre ellas la coautoria del artículo de PFAM el cual en menos de 9 meses tiene aproximadamente 200 citaciones en google scholar. Se realizó la reunión de trabajo, que sirvió para culminar el artículo RepeatsDB-lite: a web server for unit annotation of tandem repeat proteins. Que a la fecha se ha publicado en Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W402-W407. doi: 10.1093/nar/gky360.Hirsh L, Paladin L, Piovesan D, Tosatto SCE. Revista con casi 12 de IF y en Quartil 1. También se realizó la Reunión de trabajo / formulación de propuesta REFRACT, con el fin de armar el proyecto Horizonte 2020, MCRise que posteriormente fue financiado y ha sido iniciado en enero 2019. En total se obtuvo un financiamiento por 2 millones trescientos mil euros. Una de las actividades planeadas es un encuentro en el Perú, que será organizado por la PUCP en octubre y noviembre del 2019.
Participantes:
Instituciones participantes:
El proyecto financia el desarrollo de recursos computacionales para obtener mejor datos biologicos, asi como de de la curación del los mismos.
Participantes:
Instituciones participantes:
Over the last decade, numerous studies have demonstrated fundamental importance of tandem repeat proteins (TRP) in many biological processes (Andrade, Perez-Iratxeta, and Ponting 2001). Repeat proteins are a widespread class of non-globular proteins carrying heterogeneous functions involved in several diseases. One of the most frequent problems in the study of biology is the functional characterization of a protein. This problem is usually solved by analyzing the three-dimensional (3D) structure. The experimental determination of the 3D structure is time consuming and technically difficult. For this reason structure prediction by homology modeling offers a fast alternative to experimental approaches. However homology modeling is not feasible for tandem repeat proteins because it is difficult to infer homology due to a high degree of sequence degeneration. In this thesis, I focused on algorithms oriented toward repeat unit prediction, and characterization. I developed an innovative approach, Repeat Protein Unit Predictor (ReUPred), for fast automatic prediction of repeat units and repeat classification, exploiting a Structure Repeat Unit Library (SRUL) derived from RepeatsDB, the core database of TRP. ReUPred is based on the Victor C++ library, an open source platform dedicated to protein structure manipulation. To prove the accuracy of the predictor, we ran it against all the entries in the PDB database and the resulting predictions allowed us to improve and increase RepeatsDB annotation twenty times. During my PhD I have integrated ReUPred prediction into the new version of RepeatsDB (release 2.0) that now features information on start and end positions for the repeat regions and units for all entries. The updated web interface includes a new search engine for complex queries and a fully redesigned entry page for a better overview of structural data.
Participantes:
Instituciones participantes:
Ganador del FCD 2010 La aplicacion busca permitir al al nigno identificarse con los personales y a la vez identificar las expresiones a las que esta acostumbrado. Actualmente las herramientas con las que se cuenta son procedentes del extranjero y por ende, tienen caracteristicas de personajes y expresiones muy diferentes a las nuestras.
Participantes:
Instituciones participantes: